Jedes Schuljahr bieten außerschulische Partner am Mittwochnachmittag bzw. Lehrkräfte an einem anderen Nachmittag verschiedene AGen an.
Die von Lehrkräften angebotenen sogenannten Profil-AGs untergliedern sich in vielfältige und attraktive Angebote für die Lernenden im Ganztagsprofil der Schule ab Klassenstufe 5. Darüber hinaus wird der Bereich des naturwissenschaftlichen Experimentierens gesondert gefördert und die AG-Teilnehmer der NatEx-AG auf Forschungsprojekte und -wettbewerbe für Jugendliche vorbereitet.
Neben den Profil-AGen bietet die IGS Gerhard Ertl auch sogenannte Silentia an, Stillarbeitsphasen, die von einer Lehrkraft beaufsichtigt werden, in denen die Lernenden zusätzlich zu den Angeboten an den anderen beiden Nachmittagen bzw. während der Mittagspause die Möglichkeit haben, sich unterrichtlicher Nach- oder Vorbereitung bzw. Hausaufgaben zu widmen.
Die Lernenden entscheiden selbst, ob sie an der Profil-AG teilnehmen oder ins Silentium gehen. Diese Entscheidung kann wöchentlich neu getroffen werden und bedarf lediglich der Mitteilung durch die Lernenden an die Lehrkraft, die die Profil-AG leitet, an der die Betreffenden sonst regulär teilnähmen.